未經查驗之進口機器設備於完稅提領出倉後，收貨人始發現有部分零件短裝者，應如何處理？

正確。依關稅法規定，進口機器設備短裝，得於安裝就緒試車之翌日起3個月內，檢具證明向海關申請補運短裝部分免徵關稅，考量機器拆箱安裝才能發現零件短缺。