海關管理保稅工廠進口保稅原料，有短裝、溢裝情事，應檢具相關證明文件向海關何單位辦理報備？

對。依保稅工廠短裝、溢裝之現行規則與海關實務說明，應以書面向監管海關報備或申請核辦；選項中的「保稅工廠監管單位」即為正解。