臺灣考古學界認為與原住民起源關係最密切的史前文化是：

大坌坑文化是台灣新石器時代最早的文化（約6500-4500年前），以繩紋陶為特徵，被學界公認為南島語族的祖先型文化，與原住民起源關係最密切。