臺灣第一座以史前和原住民文化為主，集合了博物館、考古遺址和自然生態公園的博物館，設於那個史前文化遺址中？

卑南遺址位於臺東，屬新石器時代晚期。「國立臺灣史前文化博物館」與「卑南文化公園」即設於此，完美符合題幹「第一座、史前與原住民為主、結合博物館與生態公園」的描述。