依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例相關規定，未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域之大陸船舶經扣留後，經海岸巡防機關查證其船上人員有下列情形之一，沒入之：

依《兩岸條例施行細則》第43條第1項第1款規定，經查證船上人員有走私、非法漁業行為或從事其他違法情事者，其船舶應予沒入。此為典型之「人員違法行為」導致船舶沒入之情形，完全符合題目所問。