甲合法取得施工許可後半年，於施工期間因地層結構發生變動而產生地基大範圍崩塌事故，主管機關可否廢止該施工許可？

正確。甲原本合法取得施工許可，但施工期間地層結構變動並發生大範圍崩塌，屬事後事實變更；若不廢止將危害公共安全，即可廢止。