臺灣地區衛生行政組織架構中，衛生福利部和各縣市衛生局的關係為：

衛福部對地方衛生局僅具「業務指導、監督」關係，透過政策、經費、計畫等方式推動全國一致的衛生業務，但人事與預算仍屬地方政府。