高考-法醫師法醫生物學107 年第 22 題單選題
實驗室受理一根骨頭檢體之種屬鑑定,經DNA 分析後獲得其粒線體細胞色素b(cytochrome b, cytb)之部分序列,此序列不適合於下列那一個資料庫進行最相似物種之搜尋與比對?
ADNA DataBank of Japan(DDBJ)
BEuropean Molecular Biology Laboratory(EMBL)
CThe Barcode of Life Data System(BOLD)正確答案
DGenBank at National Center for Biotechnology Information(NCBI)
C正確答案
BOLD 資料庫是以 COI 基因為條碼,不收 cytb 序列,故 cytb 不適合在 BOLD 比對。
為什麼答案是 C
BOLD(Barcode of Life Data System)專門收錄 DNA barcode 序列,動物以粒線體 COI(cytochrome c oxidase I)為標準條碼,不是 cytb,因此 cytb 序列不適合在 BOLD 比對。
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完整詳解
Pro · 無限重點 BOLD 資料庫是以 COI 基因為條碼,不收 cytb 序列,故 cytb 不適合在 BOLD 比對。
記住:BOLD = COI barcode 專用;DDBJ/EMBL/NCBI = 綜合核酸資料庫(INSDC 三大聯盟)。
逐選項分析
A✕
DDBJ 是日本的綜合核酸資料庫,收錄所有類型序列(含 cytb),可進行 BLAST 比對。與 NCBI、EMBL 共組 INSDC 國際核酸序列資料庫聯盟,資料互通。
B✕
EMBL(歐洲分子生物學實驗室)的 ENA 是歐洲綜合核酸資料庫,亦為 INSDC 成員,收錄所有基因序列包括粒線體 cytb,可供種屬比對。
C✓ 正確
BOLD(Barcode of Life Data System)專門收錄 DNA barcode 序列,動物以粒線體 COI(cytochrome c oxidase I)為標準條碼,不是 cytb,因此 cytb 序列不適合在 BOLD 比對。
D✕
NCBI 的 GenBank 是全球最大的綜合核酸資料庫,INSDC 成員,cytb 序列極為豐富,種屬鑑定常用 BLAST 工具即在此平台。
四大序列資料庫比較
| 資料庫 | 屬性 | 主要收錄 | cytb 可比對? |
|---|
| DDBJ | INSDC 成員(日) | 所有核酸序列 | ✅ 可 |
| EMBL/ENA | INSDC 成員(歐) | 所有核酸序列 | ✅ 可 |
| NCBI GenBank | INSDC 成員(美) | 所有核酸序列 | ✅ 可 |
| BOLD | DNA barcode 專用 | 動物 COI / 植物 rbcL、matK / 真菌 ITS | ❌ 不適合 |
考生易以為 BOLD 是「生命條碼資料庫」就什麼粒線體序列都能比對,實際上 BOLD 對動物僅接受 COI 作為標準條碼。cytb 雖也是常用種屬鑑定基因,但不在 BOLD 收錄範圍,需改用 GenBank/DDBJ/EMBL。