移民業務機構之申請設立，如被許可之後，應依法辦妥公司之設立登記，或營業項目（變更）登記，並檢附相關文件，向內政部移民署辦妥何種權利的設定？

完全正確。依據《移民業務機構及其從業人員輔導管理辦法》規定，業者必須將保證金以其名義存入金融機構，並將該「定期存款單」設定「質權」予內政部移民署，作為發生糾紛時的賠償擔保。