大陸地區人民申請進入金門、馬祖或澎湖旅行，應由交通部觀光局許可之旅行業者代申請，並組團辦理，每團人數限制多少人？

正確。大陸地區人民以旅行事由申請進入金門、馬祖或澎湖，如採組團方式，每團限制為3人以上、40人以下，並須整團同時入出。題幹問「每團人數」，直接鎖定「3～40人」。