跨域自治事務在直轄市間、直轄市與縣市間，由何機關為其共同上級業務主管機關？

依地方制度法規定，跨域自治事務涉及不同直轄市或直轄市與縣市間時，由中央各該主管部會（如內政部、交通部等）依業務性質擔任共同上級業務主管機關進行協調。