中央政府會計總報告與公庫、財物經理、徵課、公債等主管機關之報告發生差額時，應由何機關核對，並製表解釋之？

正確。依相關規定，各級政府會計總報告與公庫等主管機關報告發生差額時，由審計機關（中央為審計部）核對並製表解釋。