甲依法向主管機關申請許可，在決定作成前，據以准許之法規有變更，但未廢除或禁止所申請之事項。依據中央法規標準法之規定，主管機關原則上應如何適用法規？

正確。中央法規標準法第18條規定，處理人民申請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，原則上適用新法規，但舊法規有利於當事人且新法規未廢除或禁止所申請事項者，適用舊法規。