行人甲13歲，因未留意交通號誌已亮紅燈而穿越行人穿越道，警察機關不得對甲處以罰鍰的原因為：

行政罰法第9條第1項規定，未滿14歲人之行為不予處罰。甲13歲屬無責任能力人，警察不得對其處罰鍰，故選C。