依行政罰法第 11 條規定，依所屬上級公務員職務命令之行為，不予處罰。但明知該職務命令違法，應如何處理，始得免責？

正確。行政罰法§11Ⅱ但書明定:明知職務命令違法,須『依法定程序向該上級公務員陳述意見』,始得阻卻違法、不予處罰。此與公務員服務法、公務人員保障法§17意旨一致。