以TaqMan probe的方式進行即時定量PCR，對螢光訊號產生最有貢獻之反應為：

Taq DNA polymerase 具 5'→3' exonuclease 活性，在延伸時切斷 TaqMan probe 5' 端的 reporter dye，使其脫離 quencher 的 FRET 抑制而發出螢光，是訊號主要來源。