依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例規定，我方學校與中國大陸學校簽署兩岸校際書面約定，應向那個機關事前申報？

正確。臺灣地區各級學校與大陸地區學校締結聯盟或為書面約定的合作行為，應先向教育部申報。教育部受理完整申報後三十日內，原則上不得進行該合作；逾期未決定，視為同意。