民國 64 年黃小明醫師學成返鄉，以父親之名成立社團法人大明醫院，經營有成，地方上無人不讚。13 年後，S 市政府委託其經營該市府方出資建成之市立醫院，約定小明醫師使用該市立醫院之設備，每年繳付給市政府一筆定額權利金。各醫院採購數量不一，採購數量大者，可自藥商取得之數量折扣就較大。91 年，黃醫師在二家醫院之上設立營運中心，統籌二家醫院之採購、醫務管理等業務。95 年，黃醫師再度擴大營運規模，邀集多方人士捐資成立財團法人彰明醫院。三家醫院構成大明醫療集團，小明醫師本人任大明、彰明二醫院之董事長，長女及次女分任大明、彰明二家醫院之財務長。三家醫院之採購、醫務等營運，均受集團營運中心節制。彰明醫院使用先進醫療儀器，醫術高超，再加上七星級飯店化的服務，顛覆經營醫院的傳統觀念，在全國均享盛名。 　84 年 3 月，我國開始實施全民健保制度，成立行政院衛生署中央健康保險局（102 年 7 月改組為衛生福利部中央健康保險署）。醫病雙方之結構自此改變：過去，醫院提供醫療服務，病人接受醫療服務，醫院為賣方，病人為買方，賣方較買方強勢；健保局成立後，握有集中採購權，個別醫療院所雖仍提供醫療服務，但不再是強勢的一方。健保局支付醫療服務及藥價之費用予各醫療院所，並掌握核減藥價之權力。醫院為避免藥價收入被核減，多要求藥商按折扣前之原價開立發票，憑以向健保局請款；至於藥商會配合醫院之要求，再依議價結果另行開立折讓單交付醫院，醫療院所實際支付給藥商之金額則係淨額。 　99 年 3 月，小明董事長要自己的姪子出面，用小巷內一間沒有電梯的小小地下室成立資本額僅$500 萬的關係人健明公司。從此，三家醫院之進藥與藥商的銷貨作業雖事實上與以前相同：仍由集團營運中心之員工負責進藥，仍使用由營運中心控制之銀行帳戶交付藥款，藥商之出貨作業仍逕送集團旗下各醫院，但三家醫院名義上均改向健明進藥，供應商銷貨發票的抬頭，自過去集團營運中心指定的醫院改為健明。 　103 年 9 月，健保署接獲匿名檢舉：三家醫院自 99 年起未記錄已取得之進貨折扣，致進藥成本高估，至 103 年 9 月止，高估之數達$10 億。健保署乃向大明、彰明等醫院調閱歷年藥品採購資料，並於 103 年 12 月初聘會計師進行專案查核。健保署明知大明、彰明等醫院歷年財務報表均由甲會計師查核，但未聘甲會計師查，而聘乙會計師查。 　健保署開始調查，健明立即停業，大明、彰明二醫院也分別召開董事會臨時會，小明醫師宣布辭任董事長，小明醫師長女亦辭大明醫院之財務長。次女雖留任彰明醫院財務長，但出具切結書予健保署，擔保自己日後執行職務均會循規依法，進行採購循環，不再另設關係人。 　乙會計師於進行查核時，自健保署取得三家集團醫院自 99 年起之採購資料，健保署還提供三醫院之藥品進價高於其他醫院的情形。此外，乙會計師也詢問小明醫師次女黃財務長，黃財務長主攻牙醫，不認為自己行為失當，直言：「這是我們家自己的事，有什麼不對？」，部分人士也認為小明董事長的作法是業界慣例，並無可責之處。 　就 S 市政府權益是否因大明醫療集團之行為而受損，乙會計師發函詢問 S 市政府衛生局，該衛生局於 104 年 6 月 30 日函覆，表示該府之權利金權益未受損害。次日（7 月 1 日），乙會計師完成查核證據之蒐集，估計三醫院喪失之進貨折讓利益實為$8.70 億，如表一，比檢舉之數少$1.30 億，並於 10 天後（7 月 10 日）在專案查核報告上簽名，次日（7 月 11 日）一早，交付健保署。 表一、三醫院所喪失之進貨折讓利益 （單位：百萬元） 年度　　大明醫院　　彰明醫院　　S 市市立醫院 99　　　47.48　　　39.81　　　90.71 100　　　85.30　　　38.60　　　127.80 101　　　54.10　　　21.07　　　103.93 102　　　37.29　　　10.74　　　86.22 103　　　13.38　　　3.78　　　110.18 小計　　237.55　　114.00　　　518.84 甲會計師在 103 年第 4 季得知過去受查集團被檢舉一事，未再承接委任，集團於 104 年 1 月初預付 103 年度的查帳公費，取得丙會計師之首肯，查核三家醫院 103 年度之財務報表。103 年度的查帳公費比 102 年度高出 50%。丙會計師於 104 年 5 月 30 日對三家醫院 103 年度之財務報表，皆出具無保留意見。7 月 15 日，三家醫院在同一天分別將經查核之財務報表及會計師查核報告交予衛生福利部備查。