持我國護照入國，已逾期停留或入國後因案撤銷或廢止入國許可之無戶籍國民，申請換發普通護照，應由何機關代為辦理？

正確。112年考試時適用的《護照申請及核發辦法》第14條第2項第2款及第3項規定，在臺無戶籍國民持我國護照入國後，如已逾期停留、居留，或入國後因案遭撤銷、廢止入國許可，申請換發普通護照應由內政部移民署代為辦理。