臺北市警察局刑事警察大隊為偵辦跨國性毒品犯罪，而實施「控制下交付」之偵查作為，應由下列何者核可後，核發偵查指揮書，方可進行？

正確。控制下交付係針對跨國性毒品犯罪之特別偵查作為，依法須經最高檢察署檢察總長核可，並核發偵查指揮書後，始得由入、出境管制相關機關配合執行。