大陸地區人民死亡在臺灣地區遺有財產者，納稅義務人應該依遺產及贈與稅法規定，向那個機關辦理遺產稅申報？

正確。大陸地區人民死亡、在臺灣地區遺有財產時，納稅義務人應依遺產及贈與稅法辦理遺產稅申報，特別指定向財政部臺北國稅局申報；現行稅務說明亦維持此一管轄原則。