外國船舶得依法令規定航行於臺灣地區與香港或澳門間。但必要時那一個機關得依航業法有關規定予以限制或禁止運送客貨？

正確。《香港澳門關係條例》第25條規定，外國船舶得依法令規定航行於臺灣地區與香港或澳門間；必要時，交通部得依《航業法》有關規定，限制或禁止其運送客貨。