有戶籍國民入國，應備有效護照，經內政部移民署查驗相符，於其護照內加蓋入國查驗章戳後入國，主要是由主管機關訂定下列那一個法規命令為之？

正確。有戶籍國民入國時，應備有效護照，經移民署查驗相符後於護照加蓋入國查驗章戳，正是《入出國查驗及資料蒐集利用辦法》第3條第1項的規範內容。