頭顱內有扁桃體（tonsil）的器官是：

小腦下面（下蚓部兩側）有一對圓形小葉稱為「小腦扁桃體（cerebellar tonsil）」，緊鄰枕骨大孔。顱內壓升高時可能下疝壓迫延髓，造成致命的扁桃體疝脫。