臺北市與新北市辦理跨區域自治事務遇有爭議時，應由下列何者協調處理？

正確。臺北市與新北市皆為直轄市，其共同上級業務主管機關為行政院；跨區域自治事務之協調(第21條)及直轄市間事權爭議之解決(第77條第2項)均由行政院為之。