依發展觀光條例規定，規劃籌設之國家級風景特定區，應由那一部會主管？

正確。《發展觀光條例》第3條規定中央主管機關為交通部；同條例第10條至第11條建立風景特定區的劃定、規劃及分級制度。依《風景特定區管理規則》第4條、第5條，國家級風景特定區的評鑑及核定公告程序由交通部體系辦理，故選 D。