為處理臺灣地區與大陸地區人民往來有關之事務，行政院應該依何項原則，許可大陸地區之法人、團體或其他機構在臺灣地區設立分支機構？

正確。依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第6條，行政院為處理兩岸人民往來事務，得依對等原則，許可大陸地區法人、團體或其他機構在臺灣地區設立分支機構。