政府現在辦理的兩岸「小三通」業務，與中國大陸的那一個省分最有關係？

正確。小三通是指金門、馬祖、澎湖與大陸福建省沿海地區（如廈門、福州馬尾/黃岐）的局部通航，故與福建省最有關係。