我國為對因政治因素而致安全及自由有緊急危害之香港澳門居民提供必要之援助，得由主管機關報請下列何機關專案處理？

正確。《香港澳門關係條例施行細則》第25條明定：主管機關於有《香港澳門關係條例》第18條所定情形時，除其他法令另有規定外，應報請行政院專案處理。題幹所問的報請對象，即為行政院。