香港或澳門居民申請在臺灣地區定居，其辦法由何機關擬定？

正確。香港或澳門居民申請在臺灣地區居留或定居的相關辦法，法律明定由內政部擬訂，再報請行政院核定後發布。題目問的是「擬定」機關，精準對應內政部。