香港或澳門居民申請來臺灣地區就學，其辦法由何機關擬定？

正確。香港或澳門居民來臺灣地區就學，其辦法明定由教育部擬訂，並報請行政院核定後發布。題目只問「由何機關擬定」，鎖定教育部即可。