酸及鹼可以使蛋白質變性，主要是因為其可破壞蛋白質之：

酸鹼改變胺基酸側鏈 (-COO⁻、-NH₃⁺) 的解離狀態，使鹽橋（離子鍵）瓦解；同時質子化/去質子化也會破壞氫鍵的供體受體關係，導致三級結構崩解。