甲合法取得施工許可後半年，於施工期間因地層結構發生變動而產生地基大範圍崩塌事故，主管機關可否廢止該施工許可？

正確。施工許可是合法授益行政處分；施工期間地層結構變動並造成大範圍崩塌，屬事後事實變更。若不廢止將危害公共安全等公益，即得廢止。