甲合法取得施工許可後半年，於施工期間因地層結構發生變動而產生地基大範圍崩塌事故，主管機關可否廢止該施工許可？

正確。施工許可是合法授益行政處分；地層結構於事後發生變動，若繼續施工可能造成公共安全危害，符合「事實事後變更，不廢止對公益將有危害」的廢止要件。