複層扁平上皮（stratified squamous epithelium）是依據那一層細胞的形狀而命名？

正確。複層上皮的命名以「最表層（最頂層）細胞的形狀」為準。複層扁平上皮的表層細胞呈扁平鱗片狀，故名之，與底層基底細胞的立方或柱狀形態無關。