Nel 1681, dopo aver domato la rivolta dei tre feudatari, il ventiseienne imperatore Kangxi doveva ancora occuparsi di due zone per poter così consolidare la dinastia: la Mongolia, da cui pure i Mancesi dipendevano militarmente, e l'isola di Taiwan che, accogliendo gli eredi di Zheng Chenggong (Koxinga), rappresentava ancora una potenziale minaccia per la zona costiera del sud della Cina. Se quello di assicurare il controllo su tutta la Mongolia sarà un problema che richiederà grande attenzione da parte di Kangxi per tutta la durata del suo regno e, successivamente, da parte dei suoi eredi, la questione di Taiwan appariva decisamente più semplice, così si passò subito all'azione. Situata a circa 120 miglia ad est dei principali porti della provincia del Fujian - Fuzhou e Amoy (l'odierna Xiamen) - Taiwan, non era ancora commercialmente sviluppata, né era affollata dai mercanti cinesi, a differenza di quanto accadeva nelle Filippine, a Giava e in altre zone del sud-est dell'Asia. La Compagnia olandese delle Indie orientali, basata dal 1619 a Batavia (l'odierna Giacarta), aveva stabilito nel 1632 una fortezza nel sud-ovest di Taiwan, il forte Zeelandia, allo scopo da un lato di fare commercio non certo con gli aborigeni dell'isola, ma con la Cina e il Giappone, dall'altro di facilitare gli scambi con gli Spagnoli di base a Manila, nelle Filippine. A distanza di trent'anni, gli Olandesi erano poi stati costretti ad abbandonare l'isola in seguito all'attacco di Zheng Chenggong, a sua volta spinto dalle misure del governo Qing a lasciare il Fujian. Avendo deciso dunque di volgere la propria attenzione a Taiwan, Kangxi incaricò il vecchio comandante navale Shi Lang, che durante gli anni cinquanta, sotto il comando dello stesso Zheng Chenggong aveva sconfitto proprio i Qing, di condurre l'attacco contro ciò che rimaneva del regime di Zheng. Dopo più di un anno di preparazione per la costruzione di una flotta navale, nell'estate del 1683 l'ammiraglio Shi Lang, alla testa di ventimila uomini e trecento navi, s'impadronì prima della base navale degli Zheng nelle Pescadores, quindi si recò nel sud di Taiwan a chiedere la resa del nipote di Zheng Chenggong e dei capi rimanenti. La campagna navale fu un rapido successo. Shi Lang venne rivestito di titoli e onori e rimase attivo nella parte meridionale del Fujian fino alla sua morte, avvenuta nel 1696. Grazie alla sua passata esperienza marinara, i suoi consigli alla corte erano molto diversi da quelli degli altri funzionari. Shi Lang contribuì significativamente al ritorno dell'isola alle normali attività e alla riabilitazione dell'adiacente zona costiera del Fujian. Rese inoltre la corte consapevole dell'importanza di Taiwan, da cui si poteva controllare l'accesso a diverse province del sud-est: se abbandonata, Taiwan sarebbe ricaduta nuovamente nelle mani degli Olandesi o dei pirati. Come conseguenza di questa sua importanza strategica, Taiwan fu formalmente annessa nel 1684, divenendo una prefettura subordinata al governo provinciale del Fujian e, come le isole Pescadores, fu pesantemente presidiata. Rimase a lungo una regione di frontiera, poco abitata da parte dei coloni cinesi, per lo più provenienti dal Fujian e dal Guangdong. Un significativo aumento della popolazione si ebbe solamente a partire dal diciannovesimo secolo.