牛罹患化膿性腎炎死亡解剖後，在膀胱可嗅到氨味，最可能的病原為：

腎棒狀桿菌(Corynebacterium renale)是牛特異性泌尿道病原，具尿素酶可分解尿素生成氨，造成膀胱炎、腎盂腎炎與化膿性腎炎，並產生典型氨味，完全符合題意。