專技高考-醫事檢驗師醫學分子檢驗學與臨床鏡檢學(包括寄生蟲學)112 年第 60 題單選題
次世代定序結果判讀主要步驟包括:①基因變異註釋(variant annotation) ②序列比對(alignment) ③序列質量篩選及序列裁剪(trimming) ④基因變異辨認(variant calling),下列何種順序最適當?
D正確答案
NGS資料分析流程:先品質篩選裁剪→序列比對→變異辨認→變異註釋,正解為③②④①。
為什麼答案是 D
③序列品質篩選與trimming→②序列比對到參考基因組→④變異辨認(variant calling)→①變異註釋(annotation),完全符合NGS生物資訊分析標準流程,正確。
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完整詳解
Pro · 無限重點 NGS資料分析流程:先品質篩選裁剪→序列比對→變異辨認→變異註釋,正解為③②④①。
口訣:清→比→叫→註。先把髒序列清掉(trim),比對到參考基因組(align),叫出變異(call),最後加註解(annotate)。
逐選項分析
A✕
③①④②把註釋放在比對前,變異都還沒辨認出來怎麼註釋?且比對②被擺到最後,順序明顯錯亂,不符合上機資料處理邏輯。
B✕ 陷阱
②④③①把比對放最前面,但NGS的rawreads必須先做品質篩選與trimming去除低品質與接頭序列,再進行比對,否則影響比對品質,故順序錯誤。
C✕
①③②④把變異註釋放在最前面完全不合理,註釋必須在變異辨認之後才能進行,邏輯顛倒。
D✓ 正確
③序列品質篩選與trimming→②序列比對到參考基因組→④變異辨認(variant calling)→①變異註釋(annotation),完全符合NGS生物資訊分析標準流程,正確。
NGS資料分析標準流程
| 步驟 | 英文 | 目的 | 輸出檔 |
|---|
| ③品質篩選/裁剪 | QC & Trimming | 去除低品質鹼基與接頭 | clean FASTQ |
| ②序列比對 | Alignment | 對應到參考基因組 | SAM/BAM |
| ④變異辨認 | Variant Calling | 找出SNV/Indel | VCF |
| ①變異註釋 | Annotation | 標註基因/臨床意義 | annotated VCF |
本題陷阱在於把「註釋」或「比對」提前。記住資料一定先經品質篩選與trimming才能比對,且註釋必須在變異被辨認(call)出來後才能進行。選項B最容易誤選因把比對放第一,但忽略了上游品管步驟。
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