專技高考-醫事檢驗師醫學分子檢驗學與臨床鏡檢學（包括寄生蟲學）115 年第 51 題單選題
以次世代定序（next-generation sequencing, NGS）技術進行腫瘤基因突變檢測時，擴增過程常造成定序錯誤；下列何種方式可以最有效降低定序錯誤率？
A增加起始DNA 量進行反應
B提高樣本的腫瘤細胞含量
C使用獨立分子索引（unique molecular index, UMI）作為條碼正確答案
D增加文庫建構（library construction）時，聚合酶連鎖反應（PCR）的循環次數
C正確答案
UMI 為每個原始 DNA 分子貼上獨特條碼，可辨識並校正 PCR 擴增與定序錯誤，是 NGS 降低錯誤率最有效方法。
為什麼答案是 C
UMI 在文庫建構時為每條原始 DNA 分子貼上獨特分子條碼，定序後可將來自同一分子的 reads 歸為一群（consensus read），區分真實突變與 PCR／定序錯誤，大幅降低偽陽性。
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完整詳解
Pro · 無限重點 UMI 為每個原始 DNA 分子貼上獨特條碼，可辨識並校正 PCR 擴增與定序錯誤，是 NGS 降低錯誤率最有效方法。
看到 NGS + 降低錯誤率 → 直接選 UMI！這是 NGS 領域的標配答案。
逐選項分析
A✕
增加起始 DNA 量可提高靈敏度與覆蓋度，但無法辨識 PCR 擴增過程產生的錯誤，對定序錯誤率降低無直接幫助。
B✕ 陷阱
提高腫瘤細胞比例可改善突變偵測的訊號（提高 VAF），但這是解決「樣本純度」問題，不是「定序錯誤」問題，概念混淆。
C✓ 正確
UMI 在文庫建構時為每條原始 DNA 分子貼上獨特分子條碼，定序後可將來自同一分子的 reads 歸為一群（consensus read），區分真實突變與 PCR／定序錯誤，大幅降低偽陽性。
D✕ 陷阱
增加 PCR 循環數反而會累積更多擴增錯誤（polymerase error）與 PCR duplicate，使定序錯誤率上升，與題目要求相反。
NGS 降低錯誤率策略比較
| 策略 | 作用機制 | 降低錯誤效果 | 適用情境 |
|---|
| UMI 分子條碼 | 標記原始分子、建立共識序列 | ★★★★★ | 低頻突變、ctDNA 檢測 |
| 高保真聚合酶 | 降低 PCR 錯誤 | ★★★ | 文庫建構 |
| 增加定序深度 | 提高覆蓋度統計可信度 | ★★★ | 一般突變檢測 |
| 減少 PCR 循環 | 避免錯誤累積 | ★★ | PCR-free 文庫 |
| 增加起始 DNA 量 | 減少擴增偏差 | ★★ | 樣本充足時 |
D 選項是典型陷阱：考生易誤以為「多做 PCR = 訊號更強 = 更準確」，事實相反！PCR 循環越多，聚合酶錯誤與偏差累積越嚴重。B 則是混淆「樣本品質」與「定序錯誤」兩個不同層次的問題。
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