專技高考-醫事檢驗師醫學分子檢驗學與臨床鏡檢學(包括寄生蟲學)113 年第 62 題單選題
關於評估次世代定序品質的敘述,下列何者最不適當?
APhred score可以用來評估鹼基的品質,常用Q值來表示
B定序深度(depth)與基因變異辨認(variant calling)的準確度無關正確答案
C定序覆蓋範圍(coverage)是指基因變異區域被定序到的次數
D生殖細胞系突變(germline mutation)的allele burden通常會接近50%
B正確答案
次世代定序(NGS)品質評估:定序深度越高,變異辨認越準確,兩者高度相關,B敘述顛倒正確概念。
為什麼答案是 B
錯誤!定序深度(depth)與變異辨認準確度密切相關。深度越高,同一位點被讀取次數越多,越能區分真實變異與定序錯誤,提升variant calling可信度。說「無關」明顯顛倒事實,故為最不適當。
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完整詳解
Pro · 無限重點 次世代定序(NGS)品質評估:定序深度越高,變異辨認越準確,兩者高度相關,B敘述顛倒正確概念。
看到「無關」「沒有關係」這種斷然否定詞,多半是錯誤選項,本題反向題要選B。
逐選項分析
A✕
Phred score(Q值)是評估單一鹼基定序準確度的指標,Q=-10×log10(錯誤率)。Q30代表錯誤率1/1000、準確度99.9%。敘述正確,是NGS品質的標準指標。
B✓ 正確
錯誤!定序深度(depth)與變異辨認準確度密切相關。深度越高,同一位點被讀取次數越多,越能區分真實變異與定序錯誤,提升variant calling可信度。說「無關」明顯顛倒事實,故為最不適當。
C✕
Coverage(覆蓋範圍/覆蓋率)指某區域被定序reads覆蓋的次數,與depth概念相近,反映該區域的定序充分程度。敘述大致正確,是評估NGS品質的重要參數。
D✕
生殖細胞系突變存在於體內所有細胞,若為異型合子(heterozygous),理論上突變等位基因比例(allele burden/VAF)接近50%;同型合子則接近100%。相對地,體細胞突變VAF常較低。敘述正確。
NGS品質評估核心參數
| 參數 | 意義 | 高代表 | 與準確度關係 |
|---|
| Phred/Q值 | 單一鹼基錯誤率 | 鹼基品質高 | 正相關 |
| Depth深度 | 位點被讀取次數 | 讀取充分 | 正相關 |
| Coverage覆蓋率 | 區域被覆蓋程度 | 覆蓋完整 | 正相關 |
| VAF/allele burden | 變異等位基因比例 | — | 判斷germline/somatic |
B選項把「深度與準確度高度相關」這個正確概念顛倒成「無關」。NGS中提高定序深度正是為了降低偽陽/偽陰、提升變異辨認可信度。考生若忽略「無關」二字就會誤判,這是反向題的經典陷阱。
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