專技高考-醫事檢驗師醫學分子檢驗學與臨床鏡檢學（包括寄生蟲學）114 年第 67 題單選題
以基因定序法進行16S rRNA基因序列比對之結果，若要達到菌種（species）層級之鑑定，下列何者錯誤？
A大於95%序列相似度，才可判定為同種（species）正確答案
B若序列比對結果最高及第二高相似菌種序列，彼此相似度的差異性小於0.5%，則應使用其他試驗進行菌種之確認
C以標準參考菌株比對為最佳
D可序列比對之基因長度，應至少500個核苷酸以上
A正確答案
16S rRNA 基因定序鑑定細菌時，菌種（species）層級的相似度需大於 99%，95% 僅能達到屬（genus）層級。
為什麼答案是 A
錯誤。菌種（species）層級的鑑定，序列相似度需大於 99%（或 98.7%）；大於 95% 通常只能鑑定到屬（genus）層級。
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完整詳解
Pro · 無限重點 16S rRNA 基因定序鑑定細菌時，菌種（species）層級的相似度需大於 99%，95% 僅能達到屬（genus）層級。
看到「菌種(species)」層級，相似度要求極高（>99%），95% 標準太低了，秒選 A。
逐選項分析
A✓ 正確
錯誤。菌種（species）層級的鑑定，序列相似度需大於 99%（或 98.7%）；大於 95% 通常只能鑑定到屬（genus）層級。
B✕
正確。若第一與第二高相似度差異小於 0.5%，代表鑑別度不足，無法單靠此區分，需輔以生化或其他試驗確認。
C✕
正確。標準參考菌株（type strain）具備最權威的分類學地位，以此比對結果最為可靠。
D✕
正確。為確保比對的準確性與足夠的解析度，臨床指引建議序列長度至少需 500 個核苷酸（bp）以上。
16S rRNA 基因定序鑑定標準
| 分類層級 | 序列相似度要求 |
|---|
| 菌種 (Species) | ≥ 99% (或 98.7%) |
| 屬 (Genus) | ≥ 97% (或 95%) |
考生極易將「屬 (Genus)」與「種 (Species)」的相似度門檻搞混。記住：要精確到「種」層級，要求非常嚴格（>99%）；若只有 95%，只能勉強認出是哪個「屬」。
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