專技高考-醫事檢驗師醫學分子檢驗學與臨床鏡檢學（包括寄生蟲學）106 年第 55 題單選題
下列何者是檢測microsatellite markers常用的方法？
ANext generation DNA sequencing
BDNA sequencing
CAllele-specific PCR
DPCR-polyacrylamide gel electrophoresis正確答案
D正確答案
Microsatellite (微衛星) 是短重複序列，長度差異小，需高解析電泳才能分辨，PCR 後用聚丙烯醯胺凝膠電泳是標準方法。
為什麼答案是 D
正解。先以 PCR 擴增微衛星區域，再用聚丙烯醯胺凝膠電泳 (PAGE) 分離產物。PAGE 解析度可達 1-2 bp，能清楚分辨重複次數差異，是檢測 microsatellite instability (MSI) 的經典方法。
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完整詳解
Pro · 無限重點 Microsatellite (微衛星) 是短重複序列，長度差異小，需高解析電泳才能分辨，PCR 後用聚丙烯醯胺凝膠電泳是標準方法。
看到「重複序列長度差異」→ 想到「高解析度電泳」→ PAGE 才分得出 2-4 bp 的差別。
逐選項分析
A✕ 陷阱
次世代定序雖可分析重複序列，但對於高重複區域容易產生 stutter peak 與 indel 錯誤，且成本高、流程繁瑣，不是「常用」方法。臨床檢測 microsatellite 仍以 PCR + 電泳為主流。
B✕
傳統 Sanger 定序對於連續重複序列（如 (CA)n）會出現定序滑動 (slippage)，難以準確定出重複次數，且效率低，不適合用來檢測微衛星標記。
C✕ 陷阱
Allele-specific PCR 是針對「點突變/SNP」設計引子，靠單鹼基差異辨別 allele。但 microsatellite 的差異是「重複次數」(長度多型性)，無法用 ASP 處理。
D✓ 正確
正解。先以 PCR 擴增微衛星區域，再用聚丙烯醯胺凝膠電泳 (PAGE) 分離產物。PAGE 解析度可達 1-2 bp，能清楚分辨重複次數差異，是檢測 microsatellite instability (MSI) 的經典方法。
Microsatellite 檢測方法比較
| 方法 | 原理 | 解析度 | 臨床常用度 |
|---|
| PCR + PAGE | PCR 擴增後高解析電泳分離長度 | 1-2 bp | ★★★★★ 標準法 |
| PCR + 螢光毛細管電泳 | 螢光標記引子後自動化分析 | 1 bp | ★★★★★ 自動化首選 |
| Sanger sequencing | 鹼基定序 | 受 slippage 干擾 | ★ 不適用 |
| NGS | 高通量定序 | 受 stutter 干擾 | ★★ 研究用 |
| Allele-specific PCR | 針對單鹼基差異 | — | ★ 用於 SNP 不是 STR |
考生易把「定序」當萬能解。但 microsatellite 是重複序列，定序會 slippage，反而分析不準。重點要抓「長度差異」→ 對應「電泳分離」，而非「鹼基判讀」→ 定序。Allele-specific PCR 也是陷阱，那是 SNP 用的。
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